bcl2fastq – bcl2fastq2 Convert

Geçtiğimiz günlerde sevdiğim bir arkadaşım Genetik konusunda bazı paylaşımlarda bulunurken alt yapıları hakkında bir takım sorular sordu. Konu konuyu açarken Nextseq 500 adında bir cihazın genetik araştırmalarda “bcl” formatında bir dosya ürettiğini ve onlarında bu dosyayı “fastq” formatına çevirmeleri gerektiğini öğrendim. Normal şartlarda bu işlem “bcl” dosyalarının yurtdışına gönderilmesi ile gerçekleşiyormuş.

Bize de yapabilir misin dediler ve iş başa düştü. Zorlananlar için anlatayım.

Öncelikle Nextseq 500 cihazı kullanıyorsanız. Çalışacağınız convert bcl2fastq2 v2 olacak. Sonrasında ihtiyacımız olan işletim sistemi ” Centos6 Update 9 ”

Bcl2Fast2 kurulurken sizden XML:Parse ve Perl alt yapısını istiyor. Bunları ” yum ” ile kurabilirsiniz.

Daha sonra bcl2fast.rpm i kurduğunuzda guide da yazan parametre ile çeviriyi sağlayabilirsiniz. Biz bunun üstüne çevirlerin otomatik yapılabilmesi için bir bash script yazdık ve çeviri bittiği gibi otomatik convert yapılmasını sağladık.

Mevcut işlemlerde takılırsanız bugra[@]bugraparlayan.com.tr adresinden bana ulaşabilirsiniz.

Facebook Yorum

bparlayan has written 112 articles

Blog sitemi boş zamanlarımda hem biraz karalamak hemde mesleki tecrübeleri paylaşmak için kullanmaktayım. Burası benim deşarj noktam. Bu paylaşımları istediğiniz gibi çoğaltabilir ve kullanabilirsiniz : ). Ufak bir teşekkür yeterli. bugra[@]bugraparlayan.com.tr adresinden iletişim kurabilirsiniz.